Серьезным ударом по Черноморскому флоту СССР стал распад СССР и последовавший за ним период общей политической и экономической неопределенности.

В 1997 году Россия и Украина заключили двусторонние соглашения, в которых чётко оговорены условия аренды базы Черноморского флота на территории Украины, в том числе ежегодная арендная плата в размере 97,75 млн долл, выплачиваемая путём погашаемой Россией части государственного долга Украины, а также срок пребывания Черноморского флота РФ на территории Украины — до 28 мая 2017 года.

В результате подписания 18 марта 2014 года Договора между Российской Федерацией и Республикой Крым о принятии в Российскую Федерацию Республики Крым и образовании в составе Российской Федерации новых субъектов предмет российско-украинских соглашений утрачен ввиду фактического прекращения правоотношений аренды Российской Федерацией объектов её Черноморского флота на территории Украины.