Обретение независимости и переход на рыночные отношения привели к возникновению новых для Центральноазиатского региона водно-энергетических проблем. Ключевыми звеньями в этом вопросе выступают проекты строительства Рогунской ГЭС в Таджикистане и Камбаратинской ГЭС-1 в Республике Кыргызстан. Обе республики являются горными, и их реки обладают большим гидроэнергетическим потенциалом. Одна из проблем его использования заключается в транзитности этих рек: Узбекистан, находящийся в низовьях, является категорическим противником обоих крупных строек. Узбекский политический истеблишмент не один год пытается заблокировать реализацию как Рогунского, так и Камбаратинского проектов, используя для этого различные международные площадки, такие как Всемирный водный форум исаммиты ООН. В качестве основных аргументов выступают опасения как сейсмического разрушения плотин и затопления узбекских сельхозугодий и населенных пунктов, так и отбора и нехватки воды во время заполнения водохранилищ, а также активный зимний сброс, который может привести к летней нехватке воды для орошения в Узбекистане. Но, по-видимому, узбекской дипломатии все же не удастся сдержать возведение этих гидроэнергетических объектов.
 
Такой вывод можно сделать, анализируя два важных события, имеющих двухгодичную разницу. Первое — соглашение между правительствами Киргизии и России о строительстве Камбаратинской ГЭС-1, подписанное в рамках официального визита Владимира Путина в Бишкек в сентябре 2012 года. Второе событие — публикация в сентябре 2014 года результатов оценочных исследований, проводившихся при поддержке Всемирного банка,по проекту Рогунской ГЭС, которые фактически дают проекту зеленый свет. Исследования начались в 2011 году по заказу таджикской стороны с целью проведения независимых технико-экономической и социально-экологической оценок. Они должны были не только подготовить почву к возможному строительству, но и вынести независимый вердикт, склонив чашу весов в пользу узбекской либо таджикской стороны.
 
В то же время необходимо отметить, что ни Киргизия, ни Таджикистан не способны в одиночку реализовать крупные гидроэнергетические проекты. Потому главной причиной, по которой Рогунская ГЭС и Камбаратинская ГЭС–1 не были до сих пор построены, является нехватка собственных финансовых средств, а также отсутствие крупных иностранных инвесторов.
 
Первым и наиболее логичным инвестором предполагалась Россия, которая до сих пор является ключевым внешним игроком, который в состоянии определить будущее этих двух проектов. Именно нежелание России брать на себя экономические и политические риски строительства крупнейших ГЭС в регионе долгое время являлось определяющим фактором того, что эти объекты оставались недостроенными. К примеру, по Рогунской ГЭС трижды подписывались соглашения между российской и таджикской стороной: в 1994, 2000 и 2004 годах, однако строительство объекта так и не было завершено. Аналогичная ситуация имела место и в случае кыргызского проекта. Переговоры об участии России в строительстве Камбараты-1 велись еще в 90-е годы. Однако первое межправительственное соглашение о строительстве Камбаратинской ГЭС-1 было подписано только в 2009 году еще при президентстве Бакиева и Медведева. Россия обязалась выделить Киргизии несколько кредитов, самый крупный из которых — 1,7 миллиарда долларов должен был быть выделен на строительство электростанции. Однако, как известно, Бакиев был свергнут и бежал из страны, а главный транш российских кредитов так и не был выделен. Во время правления клана Бакиевых внешняя политика Киргизии делала большой крен в сторону США, а также Китая. Целый ряд энергетических проектов в республике реализовывался китайскими компаниями, однако КНР не удалось привлечь к строительству Камбараты-1. В качестве же основной причины, почему Россия тогда отказалась инвестировать в Киргизию, большинство экспертов рассматривали отказ Бишкека выводить американских военных из аэропорта Манас.
 
Руководство Киргизии сменилось, однако интерес к реализации проекта сохранился, как и продолжились переговоры с Россией, о чем заявляла еще временная глава республики Роза Отунбаева в 2010 году. К настоящему времени Россия все-таки обязалась построить Верхненарынский каскад ГЭС, а также Камбаратинскую ГЭС-1. Видимо, это стоит также увязывать с интеграционной политикой, проводимой Владимиром Путиным: Киргизия в мае 2015 года планирует полноценно присоединиться к Евразийскому экономическому союзу. А потому кыргызская сторона вполне могла согласовать с Москвой гидроэнергетическое строительство вкупе со своим присоединением к этому геополитическому проекту.
 
Касательно Рогунской гидроэлектростанции: положительное заключение экспертизы Всемирного банка делает проект международно признанным, однако не решает проблемы поиска источников финансирования. Таджикистан в настоящее время ежегодно выделяет значительную часть своего бюджета на строительство Рогуна, но этого недостаточно для полной реализации проекта. В качестве возможного инвестора аналитики рассматривают не только Россию, но и Китай. Но сейчас Китай больше заинтересован в газовых поставках из Центральной Азии, в том числе из Узбекистана, который, к тому же, является важным транзитным коридором для туркменского газа, поставляемого в КНР. В случае Таджикистана, который также рассматривается как потенциальный участник ЕАЭС, вариант «ГЭС в обмен на интеграцию» возможен. Но в нынешних российских условиях экономического кризиса такие крупные проекты могут оказаться России не по силам или отложены на неопределенный срок. Например, уже заявлено о возможном пересмотре стоимости Верхненарынского каскада ГЭС в Киргизии, которая в разы меньше стоимости, необходимой для строительства Камбараты. В то же время, подписанный 23 декабря 2014 года Договор о присоединении Киргизии к Договору о Евразийском экономическом союзе позволяет оптимистично посмотреть на реализацию кыргызско-российского соглашения. Вопрос же с привлечением иностранных инвестиций в Рогунский проект по-прежнему остается открытым.