После того как право помилования было закреплено за Президентом, оно стало исключительной прерогативой исполнительной власти, а для его осуществления не требовалось согласия никакой другой ветви государственной власти.
Когда в свой последний день пребывания у власти президент США Билл Клинтон подписывал 140 прошений о помиловании и 36 ходатайств о смягчении наказания, некоторые из которых носили спорный характер, он следовал процедуре, восходящей к первым дням существования республики. В 1795 году первый глава исполнительной власти Америки, Президент Джордж Вашингтон подписал первые президентские распоряжения о помиловании, амнистировав двух участников прошлогоднего "Спиртового бунта" - серии бунтов в знак протеста против введения акциза на алкогольные напитки. Соответствующие полномочия Вашингтона были закреплены в Конституции США. Пункт 2 Статьи II гласит: "Президент имеет право предоставлять отсрочки исполнения приговора и помилования лицам, совершившим правонарушения против США, кроме случаев импичмента". Создавая такую систему исполнительной власти, отцы-основатели Конституции опирались на английскую традицию общего права, однако помилования фактически впервые появились в Своде законов Хаммурапи - серии указов, принятых в древней Вавилонии почти 4000 лет тому назад. Впоследствии, в VII веке нашей эры, даруемое исполнительной властью помилование было введено в английскую юриспруденцию на том основании, что поскольку все правонарушения совершаются против общественного порядка и безопасности, гарантом которых является монарх, и от них больше всего страдает именно монарх, только он один и должен обладать правом помилования.
Во время обсуждения пункта о помиловании на Конституционном Конвенте США в 1787 году отцы-основатели рассмотрели три вопроса: 1) следует ли официально ввести право помилования? 2) кому должно принадлежать это право? и 3) следует ли ввести какие-либо ограничения этого права, и если да, то какие именно? Ратуя за наделение этим правом исполнительной власти, один из отцов-основателей Конституции Александр Гамильтон, ставший впоследствии первым министром финансов США, написал: "Не подлежит сомнению, что, по деликатным соображениям, любой отдельно взятый рассудительный человек, находящийся в здравом уме, более подходит для взвешивания всех доводов за и против освобождения от наказания, чем любой многочисленный орган". После того как право помилования было закреплено за Президентом, оно стало исключительной прерогативой исполнительной власти, а для его осуществления не требовалось согласия никакой другой ветви государственной власти. За прошедшие годы, на рассмотрение Верховного Суда США был вынесен целый ряд дел, оспаривающих конституционные рамки, в которых может использоваться право помилования, но в каждом таком деле суд определил, что Президент может объявлять полные или условные помилования до, во время или после вынесения приговора, и что это право является фактически абсолютным.
Одним из путей внесения изменений в президентское право помилования является принятие поправок к Конституции, однако это трудный и долгий процесс, предусматривающий одобрение таких поправок тремя четвертями всех штатов на уровне законодательных собраний или комитетов по ратификации. Не считая Билля о правах, включавшего в себя первые 10 поправок к Конституции, за более чем 200 лет было принято лишь 17 поправок. С течением времени, использование и интерпретация права помилования развивались и изменялись. Лишь в 1865 году правительство США создало Офис по вопросам помилования для упорядочения процедуры. В 1892 году его полномочия были переданы Офису прокурора по вопросам помилования. Сегодня это учреждение находится под надзором министра юстиции США.
Президент Вашингтон за все время пребывания у власти удовлетворил лишь 16 прошений о помиловании - меньше, чем любой другой Президент США, за исключением Уильяма Г. Гаррисона и Джеймса Гарфилда, которые за период своего президентства не удовлетворили ни одного прошения. Во время и после окончания Гражданской войны Авраам Линкольн и Эндрю Джонсон, стремясь поскорее восстановить единство нации и залечить нанесенные войной раны, амнистировали примерно 200 тыс. человек, Президента Конфедерации южан - Джефферсона Дейвиса. Франклин Д. Рузвельт восстановил в гражданских правах около 1,5 тыс. человек, отбывших наказание за уклонение от призыва в вооруженные силы или за шпионаж во время Первой мировой войны, а также несколько тысяч бывших преступников, искупивших свою вину службой в армии. Гарри Трумэн помиловал более 1,5 тыс. человек, приговоренных к лишению свободы за уклонение от военного призыва, и еще 9 тыс. человек, осужденных за дезертирство в мирное время.
Джеральд Форд и Джимми Картер помиловали и амнистировали около 10 тыс., осужденных за преступления, совершенные в период войны во Вьетнаме. Форд также простил Ричарда Никсона - главное действующее лицо "Уотергейтского скандала", что вызвало серьезное размежевание в стране. После отставки Никсона, Форд сказал: "Спокойствие, которое было восстановлено в нашей стране в результате событий последних недель, могло быть непоправимо утрачено в связи с перспективой привлечения к суду бывшего Президента США". Джордж Буш - старший удовлетворил 77 прошений о помиловании. Но и здесь не обошлось без разногласий: так, он помиловал бывшего министра обороны Каспара Уайнбергера, фигурирующего в так называемом деле "Иран-контрас".
Клинтон, за восемь лет президентства, удовлетворил 395 прошений о помиловании и 61 ходатайство о смягчении наказания. Больше всего споров вызвало подписанное Клинтоном в последний день его пребывания у власти помилование финансиста Марка Рича, который 18 лет назад бежал из США, спасаясь от уголовного преследования за неуплату налогов. Конгресс США запланировал отдельные слушания, чтобы выяснить, не было ли это решение мотивировано взносами Рича в кассу Демократической партии. Однако, независимо от результатов этих слушаний, решение о помиловании останется в силе, потому что согласно пункту 2 статьи II Конституции США для его отмены не существует никаких оснований и полномочий.