Ефим Фиштейн родился в 1946 году в еврейской семье в городе Киев, Украина.

С 1964 по 1969 учился на факультете журналистики в МГУ имени Ломоносова в Москве.
С 1969 по 1980 год жил в Праге, где работал переводчиком. После подписания Хартии 77 он подвергся преследованиям и был вынужден эмигрировать в Вену в 1980 году.

С 1981 по 1996 год Фиштейн работал политическим комментатором радиостанции «Радио Свободная Европа», где он специализировался, главным образом, в регионе Центральной и Восточной Европы. В последние годы он работает на «Радио Свобода»" в качестве заместителя директора программы.

В 1996 и 1997 годах он был главным редактором «Лидове новины» (Lidové noviny). Затем он вернулся на «Радио Свободная Европа», где стал политическим комментатором. Он также работал советником бывшего председателя Сената Либуше Бенешова (Libuše Benešová).

Фиштейн - автор многочисленных политических статей и эссе в чешской, русской, немецкой и английской прессе, а также автор нескольких книг и сценариев для документальных фильмов.

В 1995 году он выиграл премию «Серебряная перепелка» чешского литературного фонда.

В 1996 году состоялась премьера документального фильма режиссера Ирены Павласковой под названием «Ефим Фиштейн - главный редактор самых традиционных чешских газет», посвященная его заслугам.