Маркус Акерет родился в 1978 году в Цюрихе. Изучал общую и восточноевропейскую историю, а также русскую литературу в Цюрихском университете и Европейском университете Виадрина во Франкфурте-на-Одере. Владеет русским языком, имеет пятнадцатилетний стаж в области журналистики.

С 1996 по 2006 год он работал в «Цюрихсе-Цайтунге», где его деятельность была сосредоточена на России, Центральной Азии и Восточной Европе. С 2001 по 2002 год проходил стажировку в швейцарской редакции NZZ, а с 2005 года является ее сотрудником.

С 2007 по 2011 год был корреспондентом в Москве, где писал обзоры на текущую политическую ситуацию в России, Кавказе и Центральной Азии. Маркус очень давно интересуется Сибирью и в течение своего пребывания в России успел посетить Красноярск и Туруханский район, а больший интерес у него вызвала Эвенкия, куда он прилетел с целью написать репортаж о коренных северянах.

В период с 2011 по 2014 год работал в Пекине, обозревая политику и экономику Китая, а с января 2015 года работал непосредственно в Берлине. Также, с начала 2018 года является ответственным за политическую отчетность по России, Беларуси, Украине, Кавказу и Центральной Азии.

Женат, есть ребенок.